锅炉应用的脉冲袋式除尘器即使设计和制造都很好，但如果运行方法不得当，也会造成严重后果。在运行方面，除尘器的启动和停机是两个很重要的环节。有许多除尘器滤袋过早破损的根源就是在启动和停机的方法不对。新装的或已经很长时间停止运行的袋式除尘器在起动时滤料会处在酸露点以下，从而会受到冷凝物的危害，容易形成永久性的堵塞。因此，采取措施尽可能的保护滤料，直到达稳定的运行温度是很重要的。袋式除尘器停机时，如果停机时间短，不应为滤袋清灰，并注意除尘器保温。如果停机时间长，应当为所有滤袋清灰，必需利用引风机和鼓风机把袋式除尘器内残留的酸性气体清楚。　
　　在袋式除尘器运行期间应经常检查除尘器的压差，因为系统压差是袋式除尘器总性能的最佳标志，而各个分室的压差则是相应的滤袋状况的最佳标志。压力降如果突然增大或减少就可能意味着滤袋堵塞、滤袋有漏洞、阀门不动作、清灰系统不正常或灰斗过满。这时就必须立即行动，隔离该分室并解决问题，以防滤袋破损。为保持袋式除尘器长期良好的运行，做好日常维护工作是很重要的。因此，应对压差、脉冲阀、输灰系统、灰斗振动器和阀门的运行情况，阀门控制器、电磁阀、限位开关、风机、马达和以表的运行是否良好等做定期检查。　　
　　只要从设计、制造、安装、控制及日常运行维护等方面都加以注意，应用袋式除尘器在燃煤锅炉上是能获得成功的。